Feld | Evento | Lehrplanung | Operationen | |
---|---|---|---|---|
Kapazität | 0 | 6 | ||
Dozent | Kein Eintrag | Alena van Bömmel |
Feld | Evento |
Textunterschiede
|
Lehrplanung | Operationen |
---|---|---|---|---|
Englische Beschreibung | <p>See German text version.</p> | <h3>Content:</h3> In this internship algorithms for sequence analysis are implemented in the SeqAn software library, which is currently being developed in our research group. The contributions are graded on the basis of a written project report. The same module includes an accompanying seminar, which must also be attended by the participants of the internship. Target group: <p>This course is aimed at students of bioinformatics. The internships are awarded via a special registration procedure via the Bioinformatics Study Office (Ulrike Seyferth). Interested computer science students are treated subordinated.</p> <h3>Requirements:</h3> <p>Good knowledge in C/C++.</p> <p>Information on thex software internship can be found on the v<a href="http://www.mi.fu-berlin.de/bioinf/stud/bachelor/abv/projektmanagement/index.html">Bioinformatics homepage</a>.</p> | <h3>Content:</h3> In this internship algorithms for sequence analysis are implemented in the SeqAn software library, which is currently being developed in our research group. The contributions are graded on the basis of a written project report. The same module includes an accompanying seminar, which must also be attended by the participants of the internship. Target group: <p>This course is aimed at students of bioinformatics. The internships are awarded via a special registration procedure via the Bioinformatics Study Office (Ulrike Seyferth). Interested computer science students are treated subordinated.</p> <h3>Requirements:</h3> <p>Good knowledge in C/C++.</p> <p>Information on the software internship can be found on the <a href="http://www.mi.fu-berlin.de/bioinf/stud/bachelor/abv/projektmanagement/index.html">Bioinformatics homepage</a>.</p> | |
Dozent | Hannes Hauswedell |
Hannes Hauswedell Knut Reinert |
Feld | Evento | Textunterschiede | Lehrplanung | Operationen |
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Beschreibung | <p>Dies ist das Belgeitseminar zum Praktikum mit folgender Beschreibung:</p> <h3>Inhalt:</h3> <p>In diesem Praktikum werden Algorithmen zur Sequenzanalyse implementiert, und zwar im Rahmen der Software-Bibliothek SeqAn, die zur Zeit in unserer Arbeitsgruppe entwickelt wird. Benotet werden die Beiträge anhand eines schriftlichen Projektberichtes.</p> <p>Zum gleichen Modul gehört ein Begleitseminar, das von den Teilnehmern des Praktikums ebenfalls belegt werden muss.</p> <h3>Zielgruppe:</h3> <p>Diese Veranstaltung richtet sich an Studierende der Bioinformatik. Die Praktikumsplätze werden über ein besonderes Anmeldeverfahren über das Studienbüro für Bioinformatik (Ulrike Seyferth) vergeben. Interessierte Informatikstudenten werden nachrangig behandelt.</p> <h3>Voraussetzungen:</h3> <p>Gute Kennnisse in C/C++.</p> | <p>Dies ist das Belgeitseminar zum Praktikum mit folgender Beschreibung:</p> <h3>Inhalt:</h3> <p>In diesem Praktikum werden Algorithmen zur Sequenzanalyse implementiert, und zwar im Rahmen der Software-Bibliothek SeqAn, die zur Zeit in unserer Arbeitsgruppe entwickelt wird. Benotet werden die Beiträge anhand eines schriftlichen Projektberichtes.</p> <p>Zum gleichen Modul gehört ein Begleitseminar, das von den Teilnehmern des Praktikums ebenfalls belegt werden muss.</p> <h3>Zielgruppe:</h3> <p>DBiestte Veranstaltung richtet sich amen Studier dende dZer Bioinformtplatik. Dien Praktikumsplätze werden übsser ein bBesonderes Anmeldeverfachren üiber das Studienbürog für Bioinformatik (Ulrike Seyferth) vergebeun. Interessierte Informatikstudenten werdTen nachraing-WigKi: behandeltt.</p> <h3>Vora://www.mi.fuss-betzurling.den:</w/ABI/h3> <p>GLectutre KennnWisse kin C/C++.</p> | <h3>Inhalt:</h3> <p>In diesem Praktikum werden Algorithmen zur Sequenzanalyse implementiert, und zwar im Rahmen Software-Bibliothek SeqAn, die zur Zeit in unserer Arbeitsgruppe entwickelt wird. Benotet werden die Beiträge anhand eines schriftlichen Projektberichtes.</p> <p>Zum gleichen Modul gehört ein Begleitseminar, das von den Teilnehmern des Praktikums ebenfalls belegt werden muss. Bitte entnehmen Sie den Zeitplan aus dessen Beschreibung in unserem Teaching-WiKi: http://www.mi.fu-berlin.de/w/ABI/LectureWiki.</p> | |
Kapazität | 20 | 6 | ||
Dozent | Kein Eintrag | Knut Reinert |
Feld | Evento | Lehrplanung | Operationen | |
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Dozent | Kein Eintrag | Irmtraud Meyer |
Feld | Evento | Textunterschiede | Lehrplanung | Operationen |
---|---|---|---|---|
Beschreibung | <div title="Page 14"> <div> <div> <div> <h3>Ziel der LV:</h3> <p>Die Studentinnen und Studenten ko¨nnen Standardprogramme im Bereich der Sequenzanalyse selbsta¨ndig benutzen. Sie kennen die verschiedenen Konzepte und sind in der Lage, ausgewa¨hlte Systeme zu bedienen und zu programmieren. Die Studentinnen und Studenten ko¨nnen neue Workflows konzipieren und die Ergebnisse grafisch aufbereiten. </p> </div> </div> </div> </div> | <div title="Page 14"> <div> <div> <div> <h3>Ziel der LV:</h3> <p>Die Studentinnen und Studenten ko¨̈nnen Standardprogramme im Bereich der Sequenzanalyse selbsta¨̈ndig benutzen. Sie kennen die verschiedenen Konzepte und sind in der Lage, ausgewa¨̈hlte Systeme zu bedienen und zu programmieren. Die Studentinnen und Studenten ko¨̈nnen neue Workflows konzipieren und die Ergebnisse grafisch aufbereiten. </p> </div> </div> </div> </div> | <div title="Page 14"> <div> <div> <div> <h3>Ziel der LV:</h3> <p>Die Studentinnen und Studenten können Standardprogramme im Bereich der Sequenzanalyse selbständig benutzen. Sie kennen die verschiedenen Konzepte und sind in der Lage, ausgewählte Systeme zu bedienen und zu programmieren. Die Studentinnen und Studenten können neue Workflows konzipieren und die Ergebnisse grafisch aufbereiten. </p> </div> </div> </div> </div> |
Feld | Evento | Lehrplanung | Operationen | |
---|---|---|---|---|
Kapazität | 30 | 0 | ||
Evento: eVV-Textfeld "Leitung (Publikation)" | Evento: Dozierende (13 Lektionen) | Lehrplanung | ||
Dozierende in eVV |
Hannes Hauswedell
Knut Reinert
|
Hannes Hauswedell
-
|
Hannes Hauswedell
|
Feld | Evento | Lehrplanung | Operationen | |
---|---|---|---|---|
Kapazität | 30 | 10 |
Feld | Evento | Lehrplanung | Operationen | |
---|---|---|---|---|
SAP Titel | Investig. RNA structurome | Investigating RNA structurome | ||
Dozent | Kein Eintrag | Irmtraud Meyer |
Feld | Evento | Textunterschiede | Lehrplanung | Operationen |
---|---|---|---|---|
Beschreibung | <p><strong>Ziele:</strong></p> <p>Die Studentinnen und Studenten erlangen ein tieferes Versta¨ndnis fu¨r grundlegende algorithmische Konzepte im Bereich der Analyse genomischer Sequenzen vor dem Hintergrund aktueller Forschungsrichtungen der Bioinformatik und Biotechnologie. Sie verstehen verschiedene Paradigmen zur approximativen Suche, sie wissen, unter welchen Voraussetzungen bestimmte Algorithmen anderen vorzuziehen sind, und ko¨nnen wissenschaftliche Publikationen auf dem Gebiet entsprechend einscha¨tzen.</p> <p>Es werden vertieft Themen aus beispielsweise folgenden Gebieten behandelt:</p> <ul> <li>Paradigmen fu¨r approximative, semiglobale Alignments (read mapping)</li> <li>Methoden zur Genomassemblierung und Metagenomassemblierung</li> <li>Methoden zum Bestimmen genetischer Variationen (SNVs, SNPs, CNVs)</li> <li>Algorithmische Probleme bei der Quantifizierung mit Hilfe von NGS Daten</li> </ul> <p>Alle weiteren Informationen im KVV: <a href="https://kvv.imp.fu-berlin.de/portal/">https://kvv.imp.fu-berlin.de/portal/</a></p> | <p><strong>Ziele:</strong></p> <p>Die Studentinnen und Studenten erlangen ein tieferes Versta¨̈ndnis fu¨̈r grundlegende algorithmische Konzepte im Bereich der Analyse genomischer Sequenzen vor dem Hintergrund aktueller Forschungsrichtungen der Bioinformatik und Biotechnologie. Sie verstehen verschiedene Paradigmen zur approximativen Suche, sie wissen, unter welchen Voraussetzungen bestimmte Algorithmen anderen vorzuziehen sind, und ko¨̈nnen wissenschaftliche Publikationen auf dem Gebiet entsprechend einscha¨̈tzen.</p> <p>Es werden vertieft Themen aus beispielsweise folgenden Gebieten behandelt:</p> <ul> <li>Paradigmen fu¨̈r approximative, semiglobale Alignments (read mapping)</li> <li>Methoden zur Genomassemblierung und Metagenomassemblierung</li> <li>Methoden zum Bestimmen genetischer Variationen (SNVs, SNPs, CNVs)</li> <li>Algorithmische Probleme bei der Quantifizierung mit Hilfe von NGS Daten</li> </ul> <p>Alle weiteren Informationen im KVV: <a href="https://kvv.imp.fu-berlin.de/portal/">https://kvv.imp.fu-berlin.de/portal/</a></p> | <p><strong>Ziele:</strong></p> <p>Die Studentinnen und Studenten erlangen ein tieferes Verständnis für grundlegende algorithmische Konzepte im Bereich der Analyse genomischer Sequenzen vor dem Hintergrund aktueller Forschungsrichtungen der Bioinformatik und Biotechnologie. Sie verstehen verschiedene Paradigmen zur approximativen Suche, sie wissen, unter welchen Voraussetzungen bestimmte Algorithmen anderen vorzuziehen sind, und können wissenschaftliche Publikationen auf dem Gebiet entsprechend einschätzen.</p> <p>Es werden vertieft Themen aus beispielsweise folgenden Gebieten behandelt:</p> <ul> <li>Paradigmen für approximative, semiglobale Alignments (read mapping)</li> <li>Methoden zur Genomassemblierung und Metagenomassemblierung</li> <li>Methoden zum Bestimmen genetischer Variationen (SNVs, SNPs, CNVs)</li> <li>Algorithmische Probleme bei der Quantifizierung mit Hilfe von NGS Daten</li> </ul> <p>Alle weiteren Informationen im KVV: <a href="https://kvv.imp.fu-berlin.de/portal/">https://kvv.imp.fu-berlin.de/portal/</a></p> |
Feld | Evento | Textunterschiede | Lehrplanung | Operationen |
---|---|---|---|---|
Beschreibung | <p>Informationen zum Softwarepraktikum befinden sich auf der <a href="http://www.mi.fu-berlin.de/bioinf/stud/bachelor/projektmanagement/index.html">Homepage des Studiengangs Bioinformatik</a>.</p> <p>In diesem Praktikum werden realistische Workflows zur Analyse von biologischen Daten konzeptioniert und implementiert. Die Teilnehmer werden dabei verschiedene Workflowsysteme (KNIME, Snakemake) kennenlernen und verwenden. Die Teilnehmer werden dabei anhand aktueller Literatur ihre Workflows eigenständig erarbeiten, testen und verfeinern. Dabei werden sowohl Kenntnisse im Rahmen der Workflow Programmierung als auch ein Umfangreiches Wissen über existierende Bioinformatik-Software erlangt.</p> <p>Gute Kenntnisse in Skriptsprachen (Python) sowie R sind Voraussetzung</p> | <p>Informationen zum Softwarepraktikum befinden sich auf der <a href="http://www.mi.fu-berlin.de/bioinf/stud/bachelor/projektmanagement/index.html">Homepage des Studiengangs Bioinformatik</a>.</p>
<p>In diesem Praktikum werden realistische Workflows zur Analyse von biologischen Daten konzeptioniert und implementiert. Die Teilnehmer werden dabei verschiedene Workflowsysteme (KNIME, Snakemake) kennenlernen und verwenden. Die Teilnehmer werden dabei anhand aktueller Literatur ihre Workflows eigenständig erarbeiten, testen und verfeinern. Dabei werden sowohl Kenntnisse im Rahmen der Workflow Programmierung als auch ein Umfangreiches Wissen über existierende Bioinformatik-Software erlangt.</p>
<p>Gute Kenntnisse in Skriptsprachen (Python) sowie R sind Voraussetzung</p> |
Kein Eintrag | |
Kapazität | 0 | 6 |
Feld | Evento |
Textunterschiede
|
Lehrplanung | Operationen |
---|---|---|---|---|
Englische Beschreibung | <p>See German text version.</p> | <p>SInformation on the software internship can Gbe found at <a href="http://www.mi.fu-berlin.de/bioinf/stud/bachelor/projektmanagement/index.html">Bioinformatics homepage</a>.</p> <p>In this internship realistic workflows for the analysis of biological data are designed and implemented. The participants will get to know and use different workflow systems (KNIME, Snakemake). The participants will develop, test and refine their workflows on the basis of current literature. Knowledge in the context of workflow programming as well as extensive knowledge of existing bioinformatics software is acquired. Good knowledge of scripting languages (Python) and R is required.</p> | <p>Information on the software internship can be found at <a href="http://www.mi.fu-berlin.de/bioinf/stud/bachelor/projektmanagement/index.html">Bioinformatics homepage</a>.</p> <p>In this internship realistic workflows for the analysis of biological data are designed and implemented. The participants will get to know and use different workflow systems (KNIME, Snakemake). The participants will develop, test and refine their workflows on the basis of current literature. Knowledge in the context of workflow programming as well as extensive knowledge of existing bioinformatics software is acquired. Good knowledge of scripting languages (Python) and R is required.</p> |
Feld | Evento | Lehrplanung | Operationen | |
---|---|---|---|---|
Dozent | Kein Eintrag | Tom Burgert |
||
Evento: eVV-Textfeld "Leitung (Publikation)" | Evento: Dozierende (6 Lektionen) | Lehrplanung | ||
Dozierende in eVV |
N.N.
|
-
|
|
Feld | Evento | Lehrplanung | Operationen | |
---|---|---|---|---|
Dozent | Kein Eintrag | Rosario Piro Dorothee Günzel Susanna Röblitz Robert Preissner Heike Siebert Frank Noe Bernhard Renard Tim Conrad Priyanka Banerjee Alexander Bockmayr Annalisa Marsico Martin Vingron Knut Reinert Andrea Volkamer Camila Mazzoni |
Feld | Evento | Lehrplanung | Operationen | |
---|---|---|---|---|
Dozent | Kein Eintrag | Robert Preissner |
Feld | Evento | Lehrplanung | Operationen | |
---|---|---|---|---|
Dozent | Kein Eintrag | Ulrike Seyferth |
||
Evento: eVV-Textfeld "Leitung (Publikation)" | Evento: Dozierende (19 Lektionen) | Lehrplanung | ||
Dozierende in eVV |
Ulrike Seyferth
|
-
|
Ulrike Seyferth
|
Feld | Evento | Lehrplanung | Operationen | |
---|---|---|---|---|
Submodul |
0260cA2.2.2 0521aA2.4.2 |
0260cA.2.2.2 - |
Feld | Evento | Lehrplanung | Operationen | |
---|---|---|---|---|
Submodul |
0260cA2.2.1 0521aA2.4.1 |
0260cA.2.2.1 - |
Feld | Evento | Textunterschiede | Lehrplanung | Operationen |
---|---|---|---|---|
Beschreibung | <p><strong>Integrative analysis of next generation sequencing (NGS) data</strong><br /> One of the research questions in bioinformatics and regulatory genomics is to understand the principles of transcriptional regulation. Transcription factors are the main players of gene regulation. Another aspect accounts for the open chromatin which enables the binding of the transcription factors and the RNA Polymerase II. There are several experimental techniques which can determine the interaction of the regulatory proteins and the DNA, such as ChIP-seq. Combinatorical analysis of several experiments help us to understand the interplay of all these factors on regulatory elements in the genome. We will analyze ChIP-seq and RNA-seq data in various cell lines to model the TF binding and histone modifications across the genome with respect to gene expression of the neighbouring genes. Afterwards, we develop a statistical method to combine these data in an appropriate way. We will use both implemented tools and our own scripts to obtain suitable results. Students will work in groups of 3 and present their work at the end of the seminar.</p> <p>Informationen zum Softwarepraktikum befinden sich auf der Homepage des Studiengangs Bioinformatik.</p> | <p><strong>Integrative aAnalysise vof n Next gGeneration sSequencing (NGS) dDataen</strong><br> O Eine of thder Foresearch qungsfragestions in bder Bioinformaticsk aund der regulatoryischen gGenomicsk is to understan, d thie pPrinczipliesn ofder transckriptionaellen rRegulation zu verstehen. Transckription sfacktoren sind ardie the mHain upltaykteurse ofder gGene regulation. AEino weitherer aAspeckt accounist das offor the opnen cChromatin, which endables thdie bBindiung of thder tTransckription sfacktorsen aund thder RNA -Polymerase II. There aremöglicht. Ese gibt veralschiedene experimentaelle tTechniqukesn, whdich cane determine tWechselwirkung zwinterasctiohen of thden regulatoryischen pProteinsen aund thder DNA bestimmen können, suchwie asz.B. ChIP-seq. CDie kombinatoriscalhe aAnalysise of smevhreraler eExperimentse heilpft uns, todas Zunderstammend the spinterplay of all thdieser fFacktorsen onauf regulatoryische eElementse im Genom zu versthe ghenome. We willr awerdenalyze ChIP-seq- aund RNA-seq d-Dataen in vaerschiousedenen cZell linien analysieren, toum model thie TF b-Bindiung aund hHistone modifickationen im ges across mthen gGenome withn rBespzug auf diect to gGene expression of thder nbeignachbouariteng gGenes zu modellieren. Aftnschließerwarnds, entwickeln dwir evinelop a statistiscalhe mMethod toe, coumb dine these dDataen in ageeign appeteropr Weiatse way.zu Wkombinieren. wWillr usverwenden bsowothl implementied rte Tools andls oaurch oweigene scSkriptse, toum obtageeign suietable Ergebnisse zu erzieltsen. Die Studierents willden woarkbeiten in g3ero Grups of 3pen aund preäsentieren tiheire woArk at beithe end ofam thEnde des Seminars.</p> <p>Informationen zum Softwarepraktikum befinden sich auf der Homepage des Studiengangs Bioinformatik.</p> | <p><strong>Integrative Analyse von Next Generation Sequencing (NGS) Daten</strong><br /> Eine der Forschungsfragen in der Bioinformatik und der regulatorischen Genomik ist es, die Prinzipien der transkriptionellen Regulation zu verstehen. Transkriptionsfaktoren sind die Hauptakteure der Genregulation. Ein weiterer Aspekt ist das offene Chromatin, das die Bindung der Transkriptionsfaktoren und der RNA-Polymerase II ermöglicht. Es gibt verschiedene experimentelle Techniken, die die Wechselwirkung zwischen den regulatorischen Proteinen und der DNA bestimmen können, wie z.B. ChIP-seq. Die kombinatorische Analyse mehrerer Experimente hilft uns, das Zusammenspiel all dieser Faktoren auf regulatorische Elemente im Genom zu verstehen. Wir werden ChIP-seq- und RNA-seq-Daten in verschiedenen Zelllinien analysieren, um die TF-Bindung und Histonmodifikationen im gesamten Genom in Bezug auf die Genexpression der benachbarten Gene zu modellieren. Anschließend entwickeln wir eine statistische Methode, um diese Daten in geeigneter Weise zu kombinieren. Wir verwenden sowohl implementierte Tools als auch eigene Skripte, um geeignete Ergebnisse zu erzielen. Die Studierenden arbeiten in 3er Gruppen und präsentieren ihre Arbeiten am Ende des Seminars.</p> <p>Informationen zum Softwarepraktikum befinden sich auf der Homepage des Studiengangs Bioinformatik.</p> | |
Englische zusätzliche Informationen | <p>See German text version.</p> | <p>SeThe Germallocation of seats takexts place eversy year ion February.</p> | <p>The allocation of seats takes place every year in February.</p> | |
Dozent | Kein Eintrag | Alena van Bömmel |
Feld | Evento | Lehrplanung | Operationen | |
---|---|---|---|---|
Dozent | Kein Eintrag | Irmtraud Meyer |
Feld | Evento | Lehrplanung | Operationen | |
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Kapazität | 0 | 6 | ||
Dozent | Kein Eintrag | Sandro Andreotti |
Feld | Evento |
Textunterschiede
|
Lehrplanung | Operationen |
---|---|---|---|---|
Englische zusätzliche Informationen | <p>See German text version.</p> | <p>SeThe Gedistrmaibution tof placexs takes place eversy year ion February.</p> | <p>The distribution of places takes place every year in February.</p> | |
Evento: eVV-Textfeld "Leitung (Publikation)" | Evento: Dozierende (12 Lektionen) | Lehrplanung | ||
Dozierende in eVV |
Sandro Andreotti
-
|
Sandro Andreotti
Chris Bielow
|
Sandro Andreotti
Chris Bielow
|
Feld | Evento | Lehrplanung | Operationen | |
---|---|---|---|---|
Dozent | Frank Noe |
Frank Noe Christoph Wehmeyer |
||
Evento: eVV-Textfeld "Leitung (Publikation)" | Evento: Dozierende (7 Lektionen) | Lehrplanung | ||
Dozierende in eVV |
-
Christoph Wehmeyer
Frank Noé
|
Frank Noe
-
-
|
Frank Noe
Christoph Wehmeyer
|
Status | LV | Kursname |
---|---|---|
a.Absage verarbeitet | 19404711 | Cancer Bioinformatics |
a.Erneut änderbar | 19400432 | Forschungspraktikum Bioinformatik |
LV | Kursname |
---|---|
19000170 | Absolventenfeier |
LV | Kursname |
---|
Status | LV | Kursname |
---|---|---|
a.Absage verarbeitet | 19404711 | Cancer Bioinformatics |
a.Publiziert | 19000070 | Absolventenfeier am 20.07.2018 |